مسی در روزاریو،‌ کارخانه بود و مادرش سلیا ماریا کوچیتینی٬ یک نظافتچی نیمه‌وقت بود. اصلیت والدین مسی ایتالیایی است و به شهر آنکونا باز می‌گردد. جد او، ‌آنجلو مسی در سال ۱۸۸۳ به آرژانتین مهاجرت کرد. او از پنج سالگی فوتبال خودش را در تیم گراندولی آغاز کرد؛ تیمی که پدرش در آن زمان مربیش بود. او در سال ۱۹۹۵ به رفت تیمی که در همان شهر روزاریو قرار داشت.در سن ۱۱ سالگی تشخیص داده‌شد که او با کمبود هورمون رشد مواجه‌است. ریور پلاته به پیشرفت مسی علاقه نشان داد اما پول کافی برای پرداخت هزینه‌های درمان بیماری مسی که ۹۰۰ دلار در ماه بود، نداشت.کارلس رکساچ، مدیر ورزشی باشگاه بارسلونا، توسط بستگان مسی در کاتالونیا، از استعداد او آگاه شده‌بود. هم‌چنین مسی و پدرش آماده برای ترتیب دادن مذاکره بودند.رکساچ، بدون کاغذی در دست، پیشنهاد قرارداد مسی را بر روی دستمال کاغذی نوشت. بارسلونا پیشنهاد برای پرداخت هزینه‌های درمانی را پذیرفت به شرط آنکه مسی حاضر به نقل مکان کردن به اسپانیا باشد. مسی و پدرش به بارسلون نقل مکان کردند، جایی که او در آکادمی جوانان باشگاه ثبت نام کرد.